Kyrkan fullbordades 1643 och ersatte ett av Gustav Vasa nedrivet medeltida kapell som stod på samma plats. På 1630-talet slogs valven och samtidigt tillkom de sandstensornamenterade gavlarna och det 8-kantiga centraltornet samt sandstensportalerna i norr och väster. Dessa är skulpterade av Henrik Blom och utmärks av en återhållen ornamentik. Tak och tornhuv tillkom 1723-35.
Jakobs kyrka ligger ovanför Kungsträdgården, vid Stockholms Opera.